中國中醫(yī)科學(xué)院西苑醫(yī)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所前身是成立于1974年的西苑醫(yī)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究室，2013年由研究室更名為研究所。已故的李連達(dá)院士為該所的奠基人、原學(xué)術(shù)帶頭人，劉建勛首席研究員為學(xué)術(shù)帶頭人。該所是一個以心腦血管疾病、神經(jīng)退行性疾病、糖尿病及并發(fā)癥等疾病為研究對象，涵蓋中藥藥理學(xué)、中藥化學(xué)、中藥藥代動力學(xué)、分子生物學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)等多個學(xué)科的綜合性應(yīng)用基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所。該所現(xiàn)有科研人員50人，其中岐黃學(xué)者1人，岐黃工程首席科學(xué)家1名，中國中醫(yī)科學(xué)院首席研究員3名，高級職稱27人，博士生導(dǎo)師4名，碩士生導(dǎo)師16名，是中國中醫(yī)科學(xué)院科技創(chuàng)新團(tuán)隊。

該所擁有國家科技部規(guī)范化中藥藥理實驗室；國家科技部國家級聯(lián)合研究中心；國家中醫(yī)藥管理局中藥藥理重點學(xué)科；國家中醫(yī)藥管理局中藥藥理、中藥化學(xué)與中藥藥代三級實驗室；國家中醫(yī)藥管理局中藥藥效評價方法學(xué)重點研究室；北京市中藥藥理重點實驗室；中醫(yī)藥研究北京市國際科技合作基地；中澳國際中醫(yī)藥研發(fā)中心；西苑-神威中藥新藥研發(fā)中心；中國生物技術(shù)外包服務(wù)聯(lián)盟（ABO）成員。設(shè)有中藥學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合博士后流動站點和博士、碩士培養(yǎng)點。該所在病證結(jié)合動物模型、中藥復(fù)方功效評價、中藥功效物質(zhì)基礎(chǔ)、中藥新藥研發(fā)及中醫(yī)藥國際化等方面作出了突出貢獻(xiàn)。共承擔(dān)國家攻關(guān)課題、國家自然科學(xué)基金課題、國家重大新藥創(chuàng)制課題、973、863等國家級課題72項，省部級課題30項，中國中醫(yī)科學(xué)院課題34項，科研成果轉(zhuǎn)化直接經(jīng)濟(jì)效益達(dá)數(shù)億元；獲國內(nèi)外專利21項；獲得臨床批件27個，新藥證書11個；近五年發(fā)表論文311篇，其中SCI收錄論文68篇；主編和參編著作15部；近五年培養(yǎng)碩、博士研究生及博士后54人；先后獲得國家科技進(jìn)步獎一等獎1項，二等獎2項，省部級一等獎8項。